「URLを開く」ボタンは、【ネイティブのボタン】で実装されており、カスタムURLスキームがセットされた場合は外部アプリが開けるような実装が標準でなされています。
お知らせ詳細（コンテンツ）のリンクに関しては【WebView内で表示されるWebページのボタン】で実装されており、そこではカスタムURLスキームの場合は外部アプリが開けるような実装がされておりません。
そのため、カスタムURL（DeepLink） を参照したい場合は表示用の処理を入れていただく必要があります。
「カスタムURLの処理が実行されない」場合は、カスタムURLスキームが処理できていない可能性が考えられますので、実装を再度ご確認お願いいたします。
<iOS>decidePolicyForNavigationAction の実装を再度ご確認ください。
参考：https://developer.apple.com/documentation/webkit/wknavigationdelegate/1455641-webview
PopinfoDetailViewController.m ファイルの中において独自に decidePolicyForNavigationAction を定義しているため、
「独自のカスタムURLスキーム処理を行いたい場合に、これをオーバーライドし忘れていないか」もご確認ください。
「ほかのWebViewだとカスタムURLを開けるのに、詳細画面だと開けない」というようなケースの場合、 「PopinfoDetailViewController.m ファイルの decidePolicyForNavigationAction 処理を見落としている」ケースが該当する可能性が考えられます。
<Android>
popinfoMessageView.javaファイル内の、カスタムURLの独自実装部分をご確認ください。
参考：カスタムURLの設定